我提前一月提出辭職，公司要求賠付
勞動法苑的各位老師，您們好：
我去年畢業後在上海市工作，我提前30天書面通知了公司我要辭職，但由於違約金問題和公司發生糾紛，現無法協商解決。公司和我簽訂的合同為期三年，並規定如果我提前辭職，需要賠償1萬元。當時，我對上海市的勞動合同條例不瞭解，不知道上海市約定違約金需要滿足4個條件，即存在1、出資招用;2、出資培訓;3、特殊待遇;4、商業秘密 才可以設立違約金。
在知道條例後，我對合同中的違約金提出質疑，公司過了幾天和我說他們有培訓我的證據，有相關的培訓發票。經理還說，日本方面每次派人過來，也是他們付的錢，可是派人過來也不是給我們培訓的`。
我想請問一下：
1. 公司是否有發票等證據就可以證明他培訓了我們，約定服務期或者存在商業秘密而產生違約金，公司是否需要和員工協商?(我覺得既然是約定，必須得雙方都知道吧?)是否需要簽訂寫有“服務期”三個字的合同?即是否得明確寫明服務期的期限?
2. 公司約定服務期或者存在商業秘密而產生違約金，是否得在合同中明確寫明具體的內容，如果是出資培訓的話，是否應該寫明培訓日期和金額?
3. 出資培訓是否得在合同簽訂的時間範圍內，才是有效的，才可以約定服務期的?
4. 如果公司要求賠償違約金，是否應該由公司提出仲裁? 我在相關的文章中，看到如下文字：如果單位不提出申訴的話就意味著我不用支付這筆違約金(因為勞動爭議的訴訟時效為60天，超過訴訟時效法律不予保護)
在我的合同中，有如下條款：
第一條： 合同期限
自2005年8月1日起至2008年7月31日止。
其中2005年8月1日至2005年10月31日為培訓期
乙方在本合同期間，由於第六條第五項以外原因而中止合同時，需償付甲方人民幣1萬元整(甲方同意中止合同除外)。
(第六條第五項為甲方以暴力、威脅或者非法限制人身自由的手段強迫勞動的。。。)
各位好心人，幫幫小弟吧，小弟最為關心的就是第一個問題了，各位老師能回答任何問題小弟都感激不盡了。小弟在這裡拜謝大家了。