1、985/211側重對大學的評定，“雙一流”側重對學科的評定。
無論是“985工程”的39所大學（含國防科技大學）還是“211工程”的100多所大學，都是基於對學校綜合實力的整體評價。儘管之前也有國家重點一級學科和二級學科的`評定，但社會對一所大學的整體認知，還是隻看“牌子”不看學科，影響並不大。而“一流大學建設高校”和“一流學科建設高校”，則是先有“一流學科建設高校”名單（137所），再在此基礎上選出“一流大學建設高校”（42所）。也就是說，先看一所大學有沒有若干個很強的學科（專業），再主要根據學科綜合實力來評定一所大學的強弱。
2、985是211的“升級版”（211包含985），“雙一流”則不存在交叉。
如果說211是重點班，985就是重點班裡的重點班。“985工程”大學均為教育部或其他中央部委直管，也稱部屬高校；除985外的“211工程”大學則多為省部共建高校，地方屬性更強一些。但985大學都是211大學。“雙一流”則是兩個平行的評價體系。“一流大學建設高校”重在一流學科基礎上的學校整體建設、重點建設，全面提升人才培養水平和創新能力，共計42所，在原來39所985大學基礎上新增3所。“一流學科建設高校”重在優勢學科建設，促進特色發展，共計95所。除了之前的大部分“非985”211大學，主要增加了26所特色明顯的高校。
3、985/211是固化的標籤，“雙一流”則是有進有出。
雙一流計劃最根本性的不同是以學科為資助主體，且並不設終身制，每5年調整一次名單。而“985”“211”是以學校為資助主體，名單形同“終身制”，據2009年至2013年的資料顯示，“211”和“985”高校拿走了全國七成的政府科研經費。
其他：“985”“211”高校仍最有機會，普通高校也有望翻盤。
《統籌推進世界一流大學和一流學科建設實施辦法（暫行）》（以下簡稱《實施辦法》）對“雙一流”大學及學科的遴選條件作了明確規定。從這一規定可以看出，能進入“一流大學”名單的高校，“985”、“211”依然是最有機會的，一方面它們“經過了長期重點建設”，另一方面，這些學校因為有國家的支援，在學科建設上自然比其他高校走得更前，目前“擁有一定數量國內領先、國際前列的高水平學科”的高校還是集中在“211”、特別是“985”高校。不過正如前文所提到的“雙一流”與“985”、“211”的區別，“雙一流”以學科為資助主體，這也意味著在雙一流的遊戲規則下，一些高校完全有可能憑藉一兩個優勢學科迅速崛起，而一些原來的“985”、“211”高校也可能被排除在“雙一流”之外。